Introducción
Facturar como fisioterapeuta tiene particularidades que un programa genérico no siempre resuelve bien: facturas exentas de IVA, pacientes particulares que no llevan retención y mutuas que sí, bonos de sesiones que se cobran por adelantado y datos de salud que exigen un cuidado especial.
A eso se suma el calendario: VeriFactu obligará a facturar con un programa adaptado (la norma publicada dice julio de 2027 para autónomos; Hacienda anunció en octubre de 2026 su aplazamiento a octubre de 2028, pendiente del BOE). Si hoy facturas con Word, Excel o un talonario, toca elegir programa.
En esta guía te explicamos qué necesitas exactamente, comparamos programas de facturación genéricos con software de gestión de clínicas, y te decimos cuál conviene según tu tipo de consulta.
Respuesta rápida
| Tu situación | Qué te conviene | Coste orientativo (sin IVA) |
|---|---|---|
| Fisio a domicilio o en sala alquilada, sin agenda compleja | Programa de facturación genérico (Quipu, Billin, Contasimple) | 7–17 €/mes |
| Consulta propia con agenda, historias y bonos | Software de clínica de fisioterapia con facturación VeriFactu | 29–50 €/mes |
| Clínica con varios fisios y salas | Software de clínica con varias agendas (Clinic Cloud Pro, por ejemplo) | 49–80 €/mes |
| Fisio autónomo que factura a una clínica o a mutuas | Programa genérico con retención de IRPF | 7–17 €/mes |
Qué necesita facturar un fisioterapeuta
Antes de elegir programa, comprueba que resuelve bien estas seis situaciones. Son las que más errores generan en las facturas de fisioterapia.
1. Facturas exentas de IVA
Los servicios de fisioterapia prestados a personas físicas con finalidad de diagnóstico, prevención o tratamiento están exentos de IVA (artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992 del IVA). La factura debe indicar el motivo de la exención, por ejemplo: «Operación exenta de IVA según el artículo 20.Uno.3.º de la Ley 37/1992».
Ojo: no todo lo que hace un fisio está exento. Los masajes de relajación o bienestar sin finalidad terapéutica, los tratamientos estéticos o la venta de productos (cremas, vendajes, material) llevan IVA. Tu programa tiene que permitir mezclar en una misma factura líneas exentas y líneas con IVA.
Consecuencia práctica: si solo realizas operaciones exentas, en general no tienes que presentar el modelo 303 ni el 390. Por eso a muchos fisios les importa menos el módulo de IVA y más la agenda y los cobros.
2. Retención de IRPF: depende de a quién factures
- Paciente particular: sin retención.
- Mutua, aseguradora, club deportivo, clínica u otra empresa o profesional: retención del 15 % (7 % en el año de alta y los dos siguientes).
Si trabajas con mutuas o colaboras con una clínica, necesitas un programa que aplique la retención por cliente automáticamente.
3. Mutuas y aseguradoras
Las mutuas suelen pedir facturas agrupadas por mes, con número de autorización o volante y detalle de sesiones. Un buen programa permite añadir campos personalizados por línea y generar una factura recapitulativa por mutua.
4. Bonos de sesiones
Cuando un paciente paga un bono de 5 o 10 sesiones por adelantado, el IVA (si lo hubiera) y la obligación de facturar nacen con el cobro. Lo práctico es emitir la factura al cobrar el bono y llevar el control de sesiones consumidas aparte. El software de clínica suele hacerlo automáticamente; los programas genéricos, no.
5. Datos de salud y protección de datos
La historia clínica contiene datos de salud, una categoría especial del Reglamento General de Protección de Datos. Si tu programa guarda historias clínicas, comprueba que firma contigo un contrato de encargado del tratamiento, que los servidores están en la Unión Europea y que permite controlar quién accede a cada historia. En la factura, no incluyas diagnósticos: basta con «Sesión de fisioterapia».
6. VeriFactu y TicketBAI
Tu programa debe estar adaptado a VeriFactu (con declaración responsable del fabricante) o, si tu domicilio fiscal está en el País Vasco, a TicketBAI.
Programa genérico o software de clínica
Hay dos caminos, y la elección depende más de cómo trabajas que del precio:
- Programa de facturación genérico (Quipu, Contasimple, Billin, Holded): factura muy bien, gestiona gastos e impuestos, pero no tiene agenda de citas, historia clínica ni control de bonos.
- Software de gestión de clínica (Clinic Cloud, PROCLINICA, Docfav y otros): agenda, historia clínica, bonos, recordatorios y facturación VeriFactu en uno, pero su parte fiscal es más básica (no suele preparar el modelo 130).
| Programa | Tipo | Precio desde (sin IVA) | Agenda e historia clínica | Bonos de sesiones | Modelos fiscales | VeriFactu |
|---|---|---|---|---|---|---|
| Contasimple Profesional | Genérico | 10,95 €/mes (anual), 500 documentos al año | No | No | Sí | Sí |
| Quipu Starter | Genérico | 14 €/mes (anual), facturas ilimitadas | No | No | Sí | Sí |
| Billin Ilimitado | Genérico | 23 €/mes (anual), clientes ilimitados | No | No | No | Sí, y TicketBAI |
| Clinic Cloud Mini / Pro / Max | Clínica | 29 / 49 / 79 €/mes | Sí (1 agenda en Mini) | Sí | No | Sí, y TicketBAI |
| PROCLINICA | Clínica | Unos 30,60 €/mes | Sí, por sala y terapeuta | Sí | No | Sí, y TicketBAI |
| Docfav | Clínica | 33,25 €/mes (cuota plana) | Sí | Sí | No | Sí, y TicketBAI |
Fuentes: precios de Clinic Cloud leídos en su web el 29 de septiembre de 2026; PROCLINICA y Docfav según sus propias webs; Contasimple, Billin y Quipu según sus páginas de precios. Revisado el 7 de octubre de 2026.
Ojo con Billin para fisios: su plan Básico (6,60 €) solo admite 5 clientes y el Pro, 50. Con pacientes particulares, cada paciente es un cliente, así que casi siempre necesitarás el Ilimitado.
Ojo con Contasimple: su límite de 500 documentos al año suma facturas y gastos. Una consulta con 30 pacientes al mes ya emite 360 facturas al año.
Análisis de cada opción
Quipu: el mejor genérico para un fisio autónomo
Facturas ilimitadas en todos los planes, lo que encaja con el volumen de pacientes de un fisio. Permite configurar la exención de IVA sanitaria, aplicar retención solo a mutuas y empresas, registrar gastos con el móvil y ver tu previsión de IRPF trimestral (modelo 130).
- Precio: Starter 17 €/mes (14 €/mes en pago anual).
- Le falta: agenda, historia clínica y bonos.
- Ideal para: fisios a domicilio, en sala alquilada o que trabajan para clínicas y mutuas.
Contasimple: el más barato con impuestos
Permite facturas exentas y presentar el modelo 130 desde su plan Profesional (10,95 €/mes en pago anual). Su límite de 500 documentos al año (facturas y gastos) lo hace adecuado para consultas con hasta unos 25–30 pacientes al mes; por encima, necesitas el plan Ultimate (15,95 €/mes).
- Ideal para: fisios que empiezan o con volumen moderado.
Billin: facturación sencilla y TicketBAI
Muy fácil de usar, con recordatorios de cobro y TicketBAI incluido, lo que lo hace interesante en el País Vasco. Para fisios con pacientes particulares necesitarás el plan Ilimitado (23 €/mes en pago anual) por el límite de clientes.
- Le falta: modelos fiscales (los prepara tu gestor).
Clinic Cloud: el software de clínica más conocido
Comercializado por Doctoralia, integra agenda, historia clínica, firma digital de consentimientos, recordatorios, reserva online a través de Doctoralia y facturación con VeriFactu y TicketBAI.
- Precio: Mini 29 €/mes (1 agenda), Pro 49 €/mes y Max 79 €/mes, más IVA; cobra por agenda adicional.
- A favor: integración con el portal de reservas de Doctoralia, que trae pacientes nuevos.
- En contra: precio por agenda y opiniones de usuarios irregulares; es multiespecialidad, no exclusivo de fisioterapia.
- Ideal para: consultas que ya captan pacientes en Doctoralia.
PROCLINICA y Docfav: software de clínica con cuota cerrada
Ambos se presentan como software de gestión para fisioterapia con agenda por sala o terapeuta, historia clínica por episodios, bonos de sesiones, consentimientos con firma digital, recordatorios por WhatsApp o SMS y facturación VeriFactu y TicketBAI.
- Precio: PROCLINICA, unos 30,60 €/mes; Docfav, 33,25 €/mes con cuota plana no ligada al número de profesionales (según sus webs).
- Ideal para: consultas con varios fisios que no quieren pagar por profesional.
Hay muchas más opciones en el mercado (TuFisio, Sammy, Serenna, Fibbel, ClinicApp…). La mayoría de comparativas que encontrarás en Google las publica un fabricante, así que tómalas con cautela y prueba siempre antes de contratar.
La combinación que más usan los fisios con consulta propia
Muchos fisios combinan un software de clínica (agenda, historia, bonos y facturas VeriFactu) con su gestoría para los trimestres. Si quieres preparar tú el modelo 130, la combinación software de clínica + exportación de facturas a Quipu o Contasimple también funciona, aunque duplica cuota.
Cómo elegir según tu tipo de consulta
Fisio a domicilio o en sala alquilada
No necesitas historia clínica integrada en el programa de facturación (puedes llevarla en un sistema aparte que cumpla el RGPD). Elige Quipu si quieres controlar tus impuestos o Contasimple si buscas el menor precio.
Fisio que trabaja para una clínica o con mutuas
Facturas pocas veces al mes, pero con retención de IRPF. Contasimple Profesional o Quipu Starter son suficientes. Asegúrate de configurar la retención por cliente.
Consulta propia de 1–2 fisios
La agenda y los bonos son tu día a día. Elige un software de clínica con facturación VeriFactu (desde unos 29–33 €/mes) y deja los impuestos a tu gestoría.
Clínica con varios fisios y salas
Necesitas varias agendas, permisos por profesional e informes de facturación por terapeuta. Compara un software de cuota plana (Docfav) con uno que cobra por agenda (Clinic Cloud Pro o Max) haciendo la cuenta con tu número real de profesionales.
Checklist antes de contratar
- ¿Permite facturas exentas con la mención del artículo 20.Uno.3.º y líneas con IVA en la misma factura?
- ¿Aplica la retención solo a mutuas y empresas?
- ¿Controla bonos y sesiones consumidas?
- ¿Tiene declaración responsable VeriFactu publicada (o TicketBAI si estás en el País Vasco)?
- ¿Firma contrato de encargado del tratamiento y aloja los datos en la UE?
- ¿Puede exportar facturas para tu gestoría?
- ¿Cuánto cuesta a 12 meses con tu número real de pacientes y fisios?
Preguntas frecuentes
¿Los fisioterapeutas cobran IVA?
No en los servicios de fisioterapia a personas físicas con finalidad terapéutica, que están exentos según el artículo 20.Uno.3.º de la Ley del IVA. Sí llevan IVA los masajes sin finalidad terapéutica, los tratamientos estéticos y la venta de productos.
¿Tengo que hacer factura a cada paciente?
Como norma general, sí: los profesionales sanitarios deben expedir factura por sus servicios aunque estén exentos de IVA. Si tienes dudas sobre tu caso concreto, consúltalo con tu asesor.
¿Qué debe poner la factura de un fisioterapeuta?
Número y fecha, tus datos y los del paciente (nombre y NIF), descripción del servicio sin diagnósticos («Sesión de fisioterapia»), importe, la mención de la exención de IVA y, si facturas a una empresa o mutua, la retención de IRPF. Con VeriFactu, además, el código QR.
¿Llevan retención de IRPF las facturas de fisioterapia?
Solo cuando facturas a una empresa, mutua, aseguradora, club u otro profesional: el 15 % (o el 7 % los tres primeros años). A pacientes particulares, no.
¿Tengo que presentar el modelo 303 si solo hago fisioterapia?
Si todas tus operaciones están exentas, en general no. Si vendes productos o haces servicios no terapéuticos con IVA, sí.
¿Cuál es el mejor programa de facturación para un fisioterapeuta autónomo?
Si no necesitas agenda ni historia clínica, Quipu o Contasimple. Si tienes consulta propia, un software de clínica con facturación VeriFactu, como Clinic Cloud, PROCLINICA o Docfav.
¿Cuándo es obligatorio VeriFactu para los fisioterapeutas?
La norma publicada fija el 1 de julio de 2027 para autónomos, pero el 5 de octubre de 2026 Hacienda anunció el aplazamiento a octubre de 2028, pendiente de publicarse en el BOE.